按流域开展水生态环境保护是以法律形式明确的治水方略。“九五”以来，流域规划阶梯式递进、不断发展进步，环境规划院作为核心技术支撑单位，连续牵头承担七期国家流域水生态环境保护规划编制实施技术支撑。服务国家水生态环境大局，承担国家中长期水生态环境战略规划、水生态环境重大行动计划、重点流域水生态环境保护规划编制与实施评估考核技术支撑工作，定期开展全国水生态环境形势分析。着眼国内国外水生态环境保护发展全局，开展水生态环境规划理论方法、流域分区管控、水功能区优化调整、目标指标制定与分解、管理框架模式研究，为相关决策管理提供全方位技术支撑。依托成熟技术体系与案例库，为地方提供精准科学的水生态环境保护策略，显著提升相关省、市水生态环境治理成效与管理水平。持续强化科技创新驱动，紧跟行业形势发展需要，探索开展水生态环境管理决策数智化、水生态环境状况综合评价指标、水生态调查评估修复管理技术、水生态系统演化驱动因素等技术攻关，持续提升规划制定的科学性与前瞻性。
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